La prima testimonianza del monastero e della chiesa di San Marco risale al 1312. L’insolita dedicazione per un complesso domenicano rivela l’omaggio al patrocinio della Serenissima. Questo luogo rivestiva un ruolo politico e culturale di straordinaria importanza. L’edificio, un tempo strutturato in tre navate, custodisce le tombe delle famiglie lesinesi risalenti al periodo compreso tra il XV e il XVIII secolo, nonché il sepolcro del compositore lesinese Josip Raffaelli (1767 – 1843). Il monastero venne soppresso all'inizio del XIX secolo; gran parte della struttura fu demolita o suddivisa, mentre gli arredi sacri della chiesa sono oggi conservati nelle varie chiese dell'isola. Alla fine del XIX secolo, l’abside della chiesa venne trasformata in cappella.