La chiesa di Santo Spirito fu costruita dall’omonima confraternita alla fine del XV secolo, sul sito di un edificio sacro preesistente di dimensioni più modeste. Il campanile della chiesa custodisce la campana più antica di Lesina, risalente al 1487. All’interno si trova un bassorilievo raffigurante la Vergine Maria col Bambino, realizzato in cartapesta nel XVI secolo. All’inizio del XIX secolo, la confraternita di Santo Spirito venne soppressa, mentre nel 1861 le subentrò la Confraternita di San Nicola, ancora oggi attiva in questa chiesa. Accanto alla chiesa sorge la casa della confraternita con il suo prezioso patrimonio storico-artistico.